- É normal ter scripts PHP no diretório público.
- Definir as permissões para 711 é uma boa maneira.
- Usar o .htaccess para definir permissões para arquivos PHP é uma boa ideia. Você pode ver um tutorial detalhado aqui - link
Ele irá ajudá-lo em outros lugares, assim como o redirecionamento etc. E permanecer no seu ponto de segurança, certamente funcionará.
E como você disse que um arquivo PHP tem seu endereço de e-mail e senha, está tudo bem.
Editar: Novo link para definir permissões de arquivo: link