O POP3 não verifica quais mensagens você já possui. O IMAP faz embora: link
Se você ainda quiser usar o POP3, pode tentar algo assim (definir a data de início do POP3 no seu servidor de webmail): link
Se você não tem a opção de dizer ao POP3 a data para o "início" do download, então você terá que baixar tudo novamente, a menos que alguém tenha um truque ou uma ferramenta para checar as mensagens existentes.