Tudo o que você precisa fazer é:
for f in *.mp4; do qtfaststart "$f"; done
Isso funciona porque qtfaststart
sobrescreverá o arquivo de entrada automaticamente.
Se você quiser que isso seja feito recursivamente, você pode usar find
:
find . -type f -name '*.mp4' -exec qtfaststart {} \;
Ou com globs de shell (por exemplo, no Bash 4):
shopt -s globstar
for f in **/*.mp4; do qtfaststart "$f"; done