Verifique a sintaxe do BSUB no script bash

Question

Estou tentando enviar um trabalho através do utilitário bsub linux usando este script bash titple launchparse.sh:

#!/bin/bash

#BSUB -W 80:0
#BSUB -R rusage[mem=4000]
#BSUB -J "myarray[101-150]"
filenumber=$(($LSB_JOBINDEX*100000))
java -cp ./ejml-0.19-nogui.jar:./ejml-0.19-src.zip:./stanford-parser-3.2.0-javadoc.jar:./stanford-parser-3.2.0-models.jar:./stanford-parser-3.2.0-sources.jar:./stanford-parser.jar:. Pubmedparse $filenumber.txt done$filenumber

No entanto, sempre que eu verificar se os trabalhos foram enviados usando bjobs -a , concluo que meus trabalhos foram encerrados. Alguém pode ver o que está errado com a sintaxe de

    

Answer 1

Eu acho que seu roteiro está bem. Se eu substituir a linha de comando java por

echo XXX > /tmp/done$filenumber

então funciona. É provavelmente o processo java que está saindo com um código de saída diferente de zero. Tente redirecionar o código stdout / stderr e de saída do processo java para um arquivo ou use o bsub options -o / -oo / -e / -eo .

Para os trabalhos que você já enviou, bjobs -l <jobid> mostrará o código de saída exato. Por exemplo,

Mon Feb  3 15:00:02: Exited with exit code 1. The CPU time used is 0.0 seconds.