Eu já experimentei um comportamento similar no Debian Jessie apenas uma vez, mas este artigo (
Eu também estou usando o LVM e LUKS, assim como o artigo recomenda, eu configurei as opções de corte para ambos os serviços, removi o parâmetro do fstab e o trabalho agendado do fstrim.
Você pode considerar remover o fstrim de /etc/rc.local, fazer alterações na configuração e agendar o trabalho como sugerido.
Eu postei a mesma resposta à sua pergunta no link caso alguém encontre sua pergunta apenas lá.