A maneira correta de gerenciar daemons de serviço é gerenciar links em /etc/rc?.d, existem algumas ferramentas que permitem gerenciar facilmente o pedido de inicialização sem ter que alterar manualmente os links. Instale o pacote "sysv-rc-conf" e execute "sysv-rc-conf" a partir do terminal.
Por favor, note que ele não permite que você gerencie serviços que usam o novo sistema de inicialização do Ubuntu (upstart), não existe uma maneira fácil de gerenciá-los ainda.