Existem muitas diferenças entre as versões Server e Desktop do Windows, mas não parece nada disso importante aqui.
No entanto, você tem um motivo não técnico para usar a configuração recomendada. Se esta empresa não oferecer suporte a seu software, você não quer acabar em uma situação em que não funcione corretamente e seu suporte simplesmente o culpe. Eu nunca vi nenhuma dessas coisas proprietárias funcionando sem falhas ... é sempre problemático. Você pode querer comprar uma cópia do Windows Server apenas para manter seu contrato de suporte utilizável.