Este parece ser um bug com o tema GTK3, provavelmente o Firefox está usando as informações erradas do tema para os pop-ups e a barra de rolagem.
Eu consertei parcialmente isso para mim alterando o tema apenas para o Firefox:
GTK_THEME=radiance firefox
Você pode adicionar isso "permanentemente" editando o arquivo de inicialização:
sudo gedit /usr/bin/firefox
e adicionando a linha (após #! / bin / sh):
export GTK_THEME=radiance
Provavelmente seria uma boa idéia registrar um bug contra isso, mas agora que finalmente me livrei dos terríveis menus escuros, estou menos motivado para encontrar a causa raiz do problema;)