Não é realmente não. Dadas as minhas recomendações, usarei o Centos e, como um clone do RHEL, um dos pontos de venda do RHEL é que, como SO orientado ao servidor, o RHEL se concentrou na estabilidade e suporte ao hardware esotérico que você encontra nas máquinas de classe de servidor. como Redhat atende a sua base de clientes.
Nada disso será relevante para um servidor de aplicativos java especificamente. Em termos de ajuste, você quer que sua JVM tenha a quantidade de memória necessária para seus aplicativos e, do contrário, você quer o mínimo possível de execução.
Em última análise, você está criando um servidor de aplicativos dedicado às jvm de que precisa, então, o que é mais importante do que a sua distro, é um entendimento sólido do aplicativo, através da criação de perfil e do ajuste das jvms que você está executando. Escusado será dizer que o servidor precisa de recursos adequados em termos de memória, para que a máquina nunca troque.