Isso não é específico do Matlab. Para que um programa Linux veja arquivos em um sistema de arquivos, ele deve ser montado. Para o samba, o tipo de montagem é chamado cifs , ou seja, você faz algo como
mount //servername/share mount-point/ -t cifs
em que mount-point é o diretório em que você deseja montar o compartilhamento. Você será solicitado a fornecer seu nome de usuário e senha; ou você pode fornecê-los através de opções. Para que isso funcione você precisa ter o pacote correto instalado, no Debian ele é chamado de cifs-utils .
Para mais informações, consulte man mount e man mount.cifs .