Eu usei apenas o Easus (a versão gratuita) para clonar as unidades que eu precisava fazer. Esse foi o software mais confiável que encontrei. Não que eu tenha usado muitos diferentes, mas tem sido alguns. Se você encontrar algo que funcione, por que procurar mais?
Na minha experiência, não há uma maneira seletiva de clonar um disco e ainda tê-lo inicializável após a clonagem. É tudo ou nada. Se você precisar apenas do software do sistema (OS), execute o pc após a clonagem ser feita para verificar a clonagem e, em seguida, exclua os dados desnecessários.
A clonagem pode ser feita para que você não precise estar lá, então configure-a e entre em outra coisa nas próximas horas, talvez mais, o que é necessário para fazer o clone. Se a unidade de destino for maior que a unidade de origem, ela fará uma partição do mesmo tamanho que o disco de origem. Redimensione a partição usando um gerenciador de partição como o Gparted para redimensionar a partição ao máximo.