Sim, faz o que você quer. O Windows sabe qual processador lógico está em qual núcleo. Ele usará apenas um "processador lógico" por núcleo até que você tenha mais encadeamentos que desejem executar ao mesmo tempo que os núcleos.
("Processador lógico" é um nome que o Windows usa internamente para "algo que pode executar um thread". Se você não tiver o HT ativado, haverá um LP por núcleo. Se você tiver o HT ativado, haverá dois LPs por núcleo.Isso nos permite simplesmente falar sobre "processadores lógicos" ao invés de ter que constantemente qualificar as coisas.
O algoritmo exato para escolher "onde executar um thread" é descrito em Windows Internals por Solomon, Russinovich e Ionescu. É uma descrição demorada, incluindo muitos "casos extremos", como núcleos estacionados, máquinas NUMA (aquelas com dois ou mais pacotes de CPU físicos, cada um com seu próprio banco de RAM), etc.
Mas, sim: o Windows tenta manter um LP em cada núcleo inativo, até que haja mais encadeamentos que desejem executar do que os núcleos.