Instale, se ainda não estiver, gir1.2-gtksource-3.0
package:
sudo apt-get install gir1.2-gtksource-3.0
Em seguida, dê a propriedade do usuário sobre o diretório de configuração do GEdit:
sudo chown YOUR_USERNAME /home/YOUR_USERNAME/.config/gedit
Abra o GEdit e agora você poderá usar o plugin de ferramentas externas.