Se você estiver executando a unidade 2d, o padrão, tente Dash - > Aplicativos de inicialização - > Adicionar. Agora:
Name:Compiz
Command: bash -c "sleep 2; compiz --replace"
Sleep 2 deixa o sistema esperar por 2 segundos antes de carregar compiz, é claro que é opcional (você pode usar bash -c "compiz --replace") mas é útil, porque permite que o sistema esteja pronto para compor a tela corretamente. Por exemplo, é necessário se você usar screenlets, eles devem ser carregados antes de chamar compiz --replace para mostrar corretamente.