TL; DR; Não importa muito. De qualquer maneira, será mais ou menos rápido.
Um pouco mais detalhado:
O HDD não lucrará com o uso de um barramento SATA III. A velocidade sequencial máxima de um disco SATA do consumidor é de cerca de 100 MiB / s. A velocidade máxima de uma unidade SAS de 15K RPM de alto desempenho na via externa é de até 200MiB / s. Ambas as velocidades nem vão preencher uma conexão SATA II.
No entanto, um SSD moderno pode usar mais do que velocidades SATA II e será mais rápido em um barramento SATA III. A diferença pode não ser tão grande, a menos que você esteja fazendo transferências seqüenciais, o que é improvável em um pequeno SSD com o sistema operacional nele.
Na prática, isso significa que você deve colocar o SSD na porta SATA III e ver o ganho de velocidade da luz. (Lembre-se de que os canais de barramento SATA são velocidades máx e, geralmente, velocidades não sustentadas).