Você pode criar um minigrograma (por exemplo, AutoIt ou similar no Windows, script Bash no Ubuntu) e defini-lo como o "navegador padrão". Este programa perguntaria se você realmente deseja abrir seu navegador.
No Linux, as associações de protocolo são específicas do ambiente de desktop, se bem me lembro. No Windows, isso implica configurar o programa como o manipulador padrão para os protocolos HTTP, HTTPS e possíveis FTP.
Atualização: Exemplo de script Bash, não testado (!)
#!/bin/bash
zenity --question --text="Are you sure you wish to proceed?" && firefox "$@"
Isso depende de zenity
, um utilitário útil para mostrar diálogos da linha de comando / scripts.