A terceira partição é claramente uma sobra da instalação do Linux no seu sistema. O Windows está avisando, mas simplesmente para dizer: Tem certeza de que essa partição não é necessária em outro lugar?
Você pode formatá-lo com segurança para o que desejar, FAT ou NTFS. Il aparecerá como unidade E: no seu sistema Windows. Se desejar, você também pode usar o mesmo espaço livre para ampliar uma das partições existentes, mas isso não pode ser feito com o seu sistema: você terá que usar o CD de instalação, inicializar a partir dele, e então você pode ampliar um existente partição para abranger o que aparece agora como a partição não utilizada. A escolha é toda sua.