este é um bug, vote por IDEA-114594
Estou executando o Windows 7. Eu tenho o seguinte problema no Webstorm 7 e no Pycharm 3. Não encontrei esse problema em nenhum outro programa. Eu não encontrei pistas sobre uma solução no Google ou nas configurações de qualquer programa.
Quando executo os programas não maximizados e clico em qualquer outra janela para alternar o foco, a janela Webstorm (ou Pycharm) pisca, parecendo perder o foco por uma fração de segundo antes, e permanece na parte superior. Isso bloqueia qualquer outra janela atrás de ter foco, e é muito chato.