Isso parece uma tarefa de refatoração de código de um projeto Java considerável. Eu geralmente recomendo usar um Ambiente Integrado de Desenvolvimento nesse caso.
OEclipse é bastante interessante e pode realizar refatoração como renomear identificadores (mesmo em comentários e documentação). Para obter ajuda e tutoriais específicos sobre esse tópico, acesse páginas de ajuda oficiais ou procure mais nextens recursos na rede.