Para sua primeira pergunta, você tem algumas opções. Primeiro, você pode abrir uma nova instância de qualquer aplicativo clicando com o botão do meio. Ele será aberto em um novo espaço de trabalho e, quando você fechá-lo, você voltará para onde estava.
Se você instalar o aplicativo chamado gnome-contacts, poderá procurar seus contatos na visão geral. (Infelizmente, o gnome-contacts não classifica por status no momento, então isso não é o ideal).
Para sua segunda pergunta, você pode conseguir que o Empathy sempre abra chats em novas janelas. Abra o Empathy, vá para Edit ›Preferences no menu e desmarque a opção" Display incoming events na área de notificação ". É um pouco contra-intuitivo, mas o que isso faz é que suas novas mensagens ainda aparecerão na bandeja de mensagens, mas suas janelas correspondentes abra imediatamente.