Como esta é uma questão de 2 partes, as respostas vêm em 2 partes também.
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Posso apenas formatar meu disco rígido e instalar o System Builder?
Resposta rápida é sim. Nada impede você de fazer isso fisicamente. -
É legal?
Eu não posso comentar sobre o Licenciamento da Microsoft, já que não sou advogado ou versado em linguagem de advogado, então é isso que eu posso encontrar na Licença de Integrador de Sistemas da Microsoft e espero que faça mais sentido para você.
link
Uma parte que pode ser do seu interesse:
Who are OEM System Builders?
A System Builder is an original equipment manufacturer (OEM), assembler, refurbisher, or a software preinstaller who builds and sells a customer system to an end user or third party. The definition is broad to cover the various types of System Builders who make up this channel.
Então, se você acredita que é um Integrador de Sistemas, conforme a descrição acima, então sim, é legal para você comprar isso.