Eu tenho esse problema há algum tempo. Com o Ubuntu rodando, minha bateria não carregava. Eu poderia deixar funcionando e ligado por horas. Então, quando eu puxo o plugue, ele reclama que a bateria está fraca. Se eu deixá-lo ligado enquanto a energia está desligada, ele iria carregar bem.
Recentemente, instalei o Fedora por um tempo. Eu nunca notei nenhum problema com o carregamento enquanto o sistema operacional estava funcionando. Acabei de atualizar para o Ubuntu 11.10, e estou percebendo o mesmo problema novamente. Ontem, a bateria ficou em 83% enquanto eu a deixava ligada. Não começou a carregar até que eu reiniciei.
Em versões mais antigas do Ubuntu, minha solução foi começar "up up". Eu aprendi que se eu colocasse o comando "up up" nos aplicativos de inicialização, eu não teria o problema. Eu não passei tempo suficiente com o Ubuntu 11.10 ainda para ver se isso funciona. Eu adoraria consertar isso, então não preciso de um trabalho.