Com a janela do CMD aberta, você está definindo suas propriedades com "Propriedades"? Se assim for, isso só se aplica à janela atual. Em vez disso, você deseja (com a janela aberta) clicar no ícone cmd no canto superior esquerdo da janela, escolher Padrões e definir a cor / tamanho lá. Então feche essa janela & reabra o cmd.exe e as novas configurações devem se aplicar a todas as sessões futuras, exceto àquelas nas quais você personalizou o atalho.
Eu também não entendo porque você está usando o RUNAS / netonly. Se você fizer isso, não é de surpreender que você não possa lançar muito; que usa credenciais apenas para acesso remoto.