O que você descreve como "partição de inicialização do Windows" pode, de fato, ser a partição do sistema EFI (ESP), que é necessário para o computador inicializar. Se sim, apagá-lo e usar ext2fs nele seria desastroso. Além disso, se eu estiver certo, as distribuições Linux mais modernas colocarão automaticamente o GRUB no ESP. Pessoalmente, recomendo fazer o backup antes de instalar o Linux; a partição é tão vital que qualquer acidente envolvendo o ESP seria difícil de superar sem um backup, especialmente se você não sabe o que está fazendo. Um backup em nível de arquivo (apenas copiando os arquivos para uma unidade flash USB) deve funcionar bem.
O ESP pode ser identificado como uma partição FAT com um código de tipo EF00 em gdisk
ou com seu "sinalizador de inicialização" definido em parted
ou GParted.