Não sei qual SO você está usando, mas é bom usar o tamanho de alocação padrão fornecido pelo sistema operacional no momento do formato. Como você mencionou, você tem muitos arquivos de tamanho pequeno. Nesse caso, menos tamanho de alocação é melhor para não deixar seu espaço desperdiçado. Basta ir com o padrão e aproveite.