Na formatação numérica personalizada você pode especificar dois formatos com um ponto de corte, então você deve ser capaz de usar este formato personalizado
[>=0.000694444]"+ "m:ss.000;"+ "s.000
0,000694444 é o corte - que é o equivalente decimal de 1 minuto no Excel (1/1440), então qualquer coisa com um ou mais minutos é mostrada com o formato "+ "m:ss.000
e qualquer item abaixo é mostrado com o formato "+ "s.000