Depois de ignorar o phpMyAdmin e seguir para o Drupal, corri o mesmo problema. Depois de uma pesquisa rápida, encontrei isto:
link
Depois de copiar os "arquivos de fuso horário" para a jaula chroot, conforme descrito no artigo, tanto o Drupal quanto o phpMyAdmin começaram a funcionar. Eu atualizei a questão para torná-la um pouco mais genérica.
Editar:
Este é o comando relevante do artigo:
cp -fR /usr/share/zoneinfo/* /jail/usr/share/zoneinfo/
Acabei de adaptá-lo para minha própria configuração.