Eu tentei alguns hacks para impedir que o Windows fizesse isso, como desabilitar o CHKDSK na inicialização e renomear chkdsk.exe para chkdsk1.exe ou apenas substituir o chkdsk.exe por um arquivo vazio, somente leitura. Claro, nenhum desses funcionou.
O problema era o modo como o Windows lia meu array RAID na inicialização. Eu tinha um problema com a instalação do driver RAID , e de alguma forma a assinatura RAID nos discos rígidos estava acionando o CHKDSK em cada inicialização. Esses chipsets Intel são tal aborrecimento não vale a pena usar nem um pouco.
Quando eu deletei a matriz RAID, consegui inicializar no Windows XP sem problemas.