O .NET 3.5 não é um programa que é (des) instalado a partir de "Adicionar / Remover Programas". É um recurso do Windows que está ativado / desativado.
No Painel de Controle / Programas, selecione "Ativar ou Desativar Recursos do Windows" e veja se o .NET 3.5 está ativado. Se for, então é por isso que o Windows quer atualizá-lo.
Se você desativar o recurso, não receberá mais atualizações para ele.
A próxima pergunta é por que você quer desabilitar o .NET? Embora não seja necessário, existem muitos aplicativos que dependem dele.