Este não é o modo de linha de comando, mas funciona da mesma forma.
- Abra sua pasta pessoal
- Pressione Ctrl + H
- Abra o arquivo .config
- Abrir autostart
- Arraste e solte o programa que você deseja executar na inicialização
BTW, estou executando o programa MATE. Não tenho certeza se isso vai fazer a diferença com o que você está executando.