Para os dados, se você estiver usando o Linux na maioria das vezes, não deverá haver razão para que o Rsync não possa fazer backups contínuos das partições do Windows / Linux e de todos os dados para separar as partições nos 3TB.
É assim que eu faria.
Além disso, não vejo nenhum problema em mover sua matriz RAID 0 para uma única unidade no futuro. As matrizes de raide ainda são vistas como entidades únicas da perspectiva do sistema operacional e poderiam ser facilmente clonadas sem problemas.