Isso é possivelmente um problema com o Adobe Flash. Eu particularmente tive problemas ao alternar entre tela inteira e exibição normal e OSD (exibição na tela). Até mesmo a depuração com strace travou a GUI com o cursor sendo a única coisa em movimento na tela.
Se você estiver executando uma versão de 64 bits do Ubuntu, considere a instalação da versão de 64 bits do Flash. Embora ainda esteja no estágio de "teste", acho mais estável do que a versão de 32 bits do Flash em um sistema de 64 bits. Veja a pergunta Flash player para 11.04 64bit para um tutorial sobre como instalar o Flash de 64 bits.
Em vez de reiniciar a máquina, você pode matar a GUI também (para ser preciso: matar todos os programas no console virtual atual): Alt + SysRq + R . Aviso: isso mata todos os aplicativos forçosamente sem um aviso.