O Notepad ++ tem alguns recursos básicos de edição de colunas, mas não será nem de perto tão conveniente quanto o Word.
Acho que uma alternativa melhor pode ser converter para CSV ou semelhante, usar um programa de planilha (por exemplo, Excel) para editar e sempre salvar como CSV. Isso provavelmente tornaria a transição para os usuários mais fácil e permitiria que você tivesse uma comparação razoável.