Isso se deve a um recurso do sistema de arquivos chamado Links Simbólicos.
Vários arquivos do Windows são duplicados em todos os locais, normalmente você verá vários arquivos iguais em WinSxS
e System32
, entre outros. Em vez de duplicar o arquivo inteiro, o sistema de arquivos pode criar um segundo link para os dados do arquivo e, assim, usar apenas um pouco mais de espaço.
Efetivamente, usa apenas o espaço de um arquivo para duas cópias.
Ao copiar os arquivos você mesmo está duplicando completamente os arquivos (a operação de cópia ignora os links simbólicos) e, assim, expandir os links simbólicos está ocupando mais espaço.