Você pode precisar desativar qualquer extensão que tenha trabalhado em 11.04 para obter essa funcionalidade. De acordo com os detalhes do que eu tinha, ele agora está integrado na versão Ubuntu Oneiric do Thunderbird, e eles recomendam desativar o complemento original. Depois disso, o pop-up do meu indicador está funcionando. (No entanto, ainda não recebo um contador de mensagens não lidas no ícone do Thunderbird no iniciador do Unity ...)