Uma solução que encontrei é fazer as alterações desejadas localmente e depois rsync na direção oposta.
# Copy files to local machine
rsync -rltvz 10.100.100.1::foo .
# Delete the folder I don't want locally
rmdir BAR
# Rsync in the opposite direction:
rsync --delete --force -rltvz . 10.100.100.1::foo