Se você deseja excluir todos os arquivos que estão no USB que não estão no PC, acredito que você possa fazer isso:
# deletes any files that are on the USB that are not on the PC and synchronizes any files that have been changed more recently on the PC then on the USB.
rsync -auv --delete ~/Documents/ /media/20CC-A5E5/Documents/
# synchronizes files that are newer on the USB then on the PC
rsync -auv /media/20CC-A5E5/Documents/ ~/Documents/
Ao ter o primeiro comando use -u, você não deve sobrescrever quaisquer arquivos que estejam no USB e no PC, e usando --delete você apagará todos os arquivos que estiverem no USB que não estejam no PC.
O segundo comando então sincroniza o USB com o PC.
A desvantagem de fazer isso é que TODOS os arquivos que estão no USB e não estão no PC serão excluídos. Isso é o que você quer, eu acho. Se você criar novos arquivos no USB que não estejam no PC, os novos arquivos no USB serão excluídos. Se você excluir qualquer arquivo no PC, eles serão excluídos no USB.
Do que você quer, não acho que isso seja suficiente, mas é o máximo que você pode fazer com o RSync.
Se você quisesse apenas apagar arquivos no USB que foram DELETADOS no PC, e NÃO excluir arquivos no USB que nunca estavam no PC, então você teria que criar algum tipo de programa que registraria toda vez que você excluiu um arquivo no seu PC e, em seguida, exclui apenas os arquivos do USB. O que é provavelmente muito mais complicado e mais trabalho do que você quer colocar para isso.