Você pode executar um segundo comando depois de executar o primeiro comando usando um "& &" para separá-los (ou outros caracteres, mas usando & & implique que só será executado o segundo comando se o primeiro for bem sucedido)
sort -k1,1 -k2,2n /dir/fileA.sam > /dir/fileA_sorted.sam && rm /dir/fileA.sam
(Nenhuma garantia expressa ou implícita, tente primeiro com algo inócuo antes de executar rm)