É, na verdade, o kit de ferramentas de widget que fornece a caixa de diálogo de seleção de arquivos.
Dito isto, não vejo uma diferença real na selecção de localizações entre os dois, apenas na encomenda.
EDITAR:
Eu não conheço nenhuma maneira automática de compartilhar favoritos entre os dois, mas os favoritos do GTK + são armazenados em ~/.gtk-bookmarks
; pode ser possível usar algo como incron para assistir os marcadores Thunar / Gigolo e duplicá-los nas configurações do kit de ferramentas.