O problema é onde é exatamente esse comprimento extra? Está no começo? É no final? É em alguma parte do filme que é diferente? Você sabe ... a versão em inglês do filme tem uma cena de 4 minutos que a versão em italiano não tem? Ou há várias cenas diferentes entre elas (por exemplo ... as diferenças em todos os lançamentos do Macross Plus).
Infelizmente, você não pode simplesmente cortar esses 4 minutos de uma extremidade ou outra e esperar que o áudio seja sincronizado. O que você provavelmente terá que fazer é pegar um editor, examinar o áudio com o vídeo, descobrir onde estão as diferenças e depois decidir. Se for uma cena extra, você terá que editar essa parte da saída de áudio. Se for apenas algum tipo de diferença de velocidade (a faixa de áudio foi reduzida), você poderá sincronizá-la novamente.
Este é um link para uma pesquisa em Videohelp.com, que é um site que se tornará seu amigo nesse empreendimento. Lá você será apresentado a uma variedade de ferramentas para fazer TODOS esses tipos de coisas (editar a faixa de áudio, substituir a faixa no MKV, ressincronizar a faixa, etc.) Leia alguns dos tópicos da pesquisa e pegue algumas das ferramentas. O site também fornece vários tutoriais sobre como usar as ferramentas que eles sugerem.