Por algum motivo, a pasta %username%\AppData\Roaming\vlc estava na unidade D: em vez de C: .
(Por quê? Pode estar relacionado ao fato de eu ter movido algumas pastas como a área de trabalho e os documentos na segunda unidade.)
É por isso que não encontrei vlcrc em C: .
Portanto, eu deletei completamente a pasta \vlc (excluindo vlcrc pode ser suficiente) e reinstalei o VLC mais recente.