Primeira pergunta : O S.M.A.R.T. erros estão sendo relatados pela própria unidade física. Eles não têm nada a ver com as informações que foram gravadas e nunca podem ser causados por malware. Eles podem indicar danos, mau funcionamento, que os cabos estão soltos, etc., sempre um problema de hardware.
Segunda pergunta : Depende do seu sistema operacional, antivírus e se você executou qualquer documento executável / aberto do Microsoft Office com macros / se expôs a qualquer código executável do computador do seu amigo. Eu recomendaria usar um CD de inicialização do Linux no futuro para quando você precisar trabalhar com sistemas infectados.
Terceira pergunta : reinstalar janelas. Talvez um verdadeiro guru do Windows possa consertá-lo, mas nada supera um sistema limpo.
Os vírus MBR são realmente reais, embora não sejam muito comuns. Nos dias do DOS, eles se espalhariam de discos rígidos infectados para disquetes e de volta para discos rígidos.