A solução mais fácil para isso é iniciar o bash, chamar echo $PATH e, em seguida, inspecionar o que ele contém. Talvez você nunca tenha adicionado nada ao caminho de bash, mas /etc/profile ou mesmo ~/.profile estão fazendo isso.
Observe que a ordem do diretório no seu $PATH é importante. Se houver 2 emacs instalados, o primeiro encontrado será coletado. Se which -a emacs retornar vários locais, você já terá todos os caminhos necessários, mas provavelmente acabou de colocar no final de $PATH . Você deve colocá-lo no começo.