Todas as opções relacionadas à exclusão se aplicam a tudo que está sendo sincronizado, não é possível alterá-las para diretórios específicos.
Você pode fazer o que quiser executando dois rsyncs. Primeiro, use seu comando existente para fazer backup de tudo, exceto Torrents/Downloads e Torrents/Watch com exclusão. Em seguida, faça backup apenas dos diretórios Torrents/Watch e Torrents/Downloads , mas sem a opção --delete .