Guarde os plugins em repositórios git. Para suas necessidades particulares eu acho que você poderia fazer um repositório e usar branches e git submodules (a maioria dos plugins estão sob git de qualquer maneira, então você pode mantê-los atualizados ou usar versões diferentes mesmo). Uma desvantagem é que você não pode usar o Controle de Pacotes, mas pode usar o github para sincronizar a configuração entre máquinas e espaços de trabalho.
Se você não quer perder a conveniência do Package Control, eu acho que você pode encontrar seu arquivo de configurações específico (Package Control.sublime-setting - o específico do usuário) e ramificá-lo com git.
Atualização: tentei usar a opção de configurações para ignored_packages com o controle de pacotes
"settings":
{
"ignored_packages": [
"your_package_here",
...
]
},
no sublime-project, mas eu não consegui fazê-lo funcionar pelo menos no ST3.