Você pode obter resultados semelhantes ao que deseja omitindo -l e usando o recorte da seguinte forma:
grep -r -n -w "ePKI" /home/websites/www/*|cut -d':' -f 1,2 > /home/keywords.txt
Se você precisa que a saída seja exatamente como você descreveu, você poderia tentar com o awk:
awk -F, 'FNR==1 {printf "\n%s",FILENAME};/ePKI/ {printf " %d ",NR} END {printf "\n"}' /home/websites/www/*
Combine isso com encontrar para recursão:
find /home/websites/www/* -type f -print0 | xargs -0 awk -F, 'FNR==1 {printf "\n%s",FILENAME};/ePKI/ {printf " %d ",NR} END {printf "\n"}'