Eu não posso falar pela sua situação, mas para mim isso está relacionado apenas aos arquivos M4a do LOSSLESS. No entanto, tenho o mesmo problema, tanto com o banshee quanto com o gtkpod. Este é um bug confirmado no 11.10. Uma resposta ruim, mas por enquanto sugiro que você assine o bug: link
Parece ser o resultado da falta da libmp4v2, que caiu de 11,10. Existem algumas soluções alternativas sugeridas no site do bug, mas uma solução alternativa não é uma "resposta" no sentido estrito.