Se você quiser apenas transmitir aplicativos linux, procure em ssh com X forwording (ssh -X). Existem muitos clientes que trabalham para isso, como putty w / xming para windows, x11 para mac, ou qualquer desktop linux com um gui. Este método também é criptografado e está integrado ao gerenciador de janelas do cliente.
No que diz respeito ao VNC, ele não funciona por causa de sua tecnologia. O VNC apenas tira capturas de tela e as coloca na rede. O VNC não sabe dos locais das janelas e não consegue identificar o que são as janelas ou onde elas estão localizadas.