Eu me deparei com o mesmo problema hoje no Ubuntu 12.04. O principal problema é que a janela do Emacs não é trazida para frente.
Estou usando o Ubuntu 12.04 com o Emacs / AucTex / Okular / TexLive 2011. Descobri que se eu pressionar Shift + LeftMouse duas vezes no Okular, a janela do Emacs será exibida na frente. Então, isso pode ser visto como uma solução alternativa.
Você também pode configurar o Editor de Texto Personalizado no Okular.
Primeiro instale o xdotool
sudo apt-get install xdotool
Em seguida, salve o seguinte script
#!/bin/bash
emacsclient -a emacs --no-wait +$1 $2
fs=$2
filename=$(basename "$fs")
pathname=$(dirname "$fs")
xdotool search --name $filename windowactivate
O script primeiro chamará o emacsclient, depois trará uma janela cujo título contém o nome do arquivo da fonte TeX para frente.
Torne o script executável e escreva o seguinte comando (não inclua ~ em seu caminho) no Editor de texto personalizado no Okular.
<absolute-path-to-script> %l %f
Espero que funcione.