Você pode "consertar" esse problema não usando o chkdsk em partições ativas. Se você tentar um chkdsk em uma partição ativa, o Windows atrasará essa operação até o momento da inicialização, quando ela for desmontada e ficará disponível para verificação E qualquer possível dano / corrupção do sistema de arquivos será corrigido.
É melhor deixar o chkdsk concluir seu trabalho.
Se você está vendo essas coisas sem executar um chkdsk diretamente em uma partição ativa, então eu diria que seu desligamento está falhando corretamente deixando o disco em uma condição instável que só pode ser corrigida por um chkdsk no momento da inicialização. O Windows verifica isso na inicialização para você de montar um disco danificado, causando ainda mais danos.